Los Departamentos del Centro Superior de Enseñanza Evangélica son los siguientes:
- . Departamento de Teología
- Hermenéutica aplicada a la ERE
- Historia Bíblica para la ERE
- Historia de la Iglesia para la ERE
- Teología para la ERE
- Ética aplicada a la ERE
- Departamento de Docencia
- Misión y profesor de ERE
- Docencia de la ERE
- Diseño y desarrollo curricular de la ERE
- Prácticas de Enseñanzas de ERE
- Innovación docente e iniciación a la investigación
- Trabajo de Fin de Máster.
- Departamento de Psicología / Pedagogía
- Aprendizaje y desarrollo de la personalidad
- Procesos y contextos educativos
- Sociedad, familia y educación